JS Object && Function. Кто может пояснить мой пример?

Дело в том, что Object и Function - это две функции (т.н. функции-конструкторы). А у любой функции в цепочке прототипов есть как Function.prototype, так и Object.prototype, ведь любая функция является объектом.

Если вы хотите проверить кто чей прототип - нужно с прототипами и работать:

Function.prototype.isPrototypeOf(Object.prototype) // false
Object.prototype.isPrototypeOf(Function.prototype) // true

В целом же цепочка прототипов выглядит вот так (протитипы внизу, производные от них объекты - вверху):

 Function  Object
       \   /
        \ / 
         |
Function.prototype
         |
         |
 Object.prototype