Js-jq dublicates .find

Совет дня: не назначайте обработчики событий внутри других обработчиков событий.

$(function() {
  var self;
  $( ".new-mark" ).click(function() {
    self = $(this);
    $('.mark-input').val('');
  });
  $('.mark-input').change(function() {
    self.find('span').html($(this).val());
  });
});

В Вашем коде действие $('.mark-input').change(function() { ... }); выполняется на каждый $(".new-mark").click. То есть для события $('.mark-input').change добавляется новый обработчик. Когда событие $('.mark-input').change происходит, все прикрепленные обработчики выстреливают один за другим.

Весь показанный код следует обернуть в обработчик $(document).ready - это как раз то событие, внутри которого можно/следует назначать обработчики других событий. Тогда переменная self не будет засорять глобальную область видимости.