Как изменить папку views используя ejs

Да, можно. Если используете Express, то укажите в настройках:

app.set('views', path.join(__dirname, '/yourViewDirectory'));

Либо укажите путь при формировании рендера:

app.get('/your/path', function(req, res) {
  //viewname can include or omit the filename extension
res.render(__dirname + '/folder/with/views/viewname')); 
});