Как передать код html из php в js

var str = $(this).serialize();
$.ajax(
{
   type: "POST",
   url: "check.php",
   data: str+"distance="+inputText,
   success: function(msg)
   {
      //тут нужно вывести из php текст '<option value="0">Москва1</option>'
      $(".form-control").prepend( $('<option value="0">Москва1</option>'));
   }
});

$(".form-control").prepend( $('<option value="0">Москва1</option>'));

$(".form-control").prepend(msg);

echo '<option value="0">Москва1</option>';

Используйте JSON для обмена данными между JS и PHP. В JS формируйте объект который в PHP распарсите стандартной функцией. Обработанные данные также верните из PHP в JSON. и потом вставьте их в нужные места.

В JS (отправка данных):

$.ajax({
type: 'POST',
url: 'check.php',
data: '{"str": str}', 
success: function(data) { 
  $(".form-control").prepend( $('<option value="0">'+ data.city +'</option>'));
},
contentType: "application/json",
dataType: 'json'
});

а также можете воспользоваться сокращенной функцией

$.post( 'check.php', { 'string': 'str' }, function(data) { 
      $(".form-control").prepend( $('<option value="0">'+ data.city +'</option>'));
}, 'json');

В PHP для обработки JSON используйте json_decode($json), а потом, для отправки данных обратно, json_encode($array).

В самом PHP прочитать переданное можно так

$string = filter_input(INPUT_POST, 'str', FILTER_SANITIZE_SPECIAL_CHARS);

Экзотический метод без сторонних библиотек

document.getElementById("script").src="http://ya.ru/file.php";

в file.php echo "alert('lol');";

Если нужно, в src можно дописать параметры для get запроса