Как получить значение с callback функции?

Ужасное форматирование кода, никакого codestyle это раз. Во вторых нет проверки что typeof callback === 'function' это два. Используйте промисы и promises api. Придется переписать код функции под промисы.

function GetData (storename, index) {
  return new Promise(function (resolve, reject) {
    var openReq = indexedDB.open("catalogs")
    openReq.onsuccess = function () {
      var db = openReq.result
      var transaction = db.transaction([storename], "readwrite")
      var objectStore = transaction.objectStore (storename)
      var objectStoreRequest = objectStore.get (index)
      var store = null
      objectStoreRequest.onsuccess = function (event) {
        store = objectStoreRequest.result
        resolve(store)
      }
      transaction.oncomplete = function (event) {
        db.close()
        resolve(store)
      }
    }
  }
}

Потом в коде где надо получить результат пишите

GetData('sss', 2).then(function (data) {
  //в data лежит результат resolve(store)
}, function () {
  //Обработка ошибки
})

Не забывайте что код асинхронный

п.с. в коде возможно ошибки есть, кажется не закрыл скобку
п.с.с Я не знаю как работает ваш код, но мне кажется там очень много лишних переменных

Так не получится.

Чтобы работало или метод должен быть синхронным (плохо, плохо, плохо!) или result должен быть глобальным, относительно callback'а, а еще лучше перенести по возможности обработку в колбэк.

var result; 
function processResult(resultData) {
// ..
}
GetData('pesticides', i, processResult);