как сконвертировать 2 байта hex Buffer в int

У класса Buffer есть специальный API для чтения данных. В вашем случае отлично подходит метод Buffer.prototype.readUInt16BE:

var b1 = Buffer.from([0xfe, 0xff, 0x03, 0x99, 0x00, 0x01]);
console.log(b1.readUInt16BE(4)); // 1
var b2 = Buffer.from([0xfe, 0xff, 0x03, 0x99, 0x1A, 0x17]);
console.log(b2.readUInt16BE(4)); // 6679

Можно использовать метод parseInt для конвертации строки в число , только необходимо, чтобы пробелов не было в строке (к примеру так - "0001" корректно, а так "00 01" - нет).

Пример конвертирования hex в int:

var hexOne = '0001'; 
var hexTwo = '1A17'; 
 
var one = parseInt(hexOne, 16); 
var two = parseInt(hexTwo, 16); 
 
console.log(one); 
console.log(two);

Массив в строку можно конвертировать разными способами, к примеру через join вот так:

var arr = ['1A', '17']; // массив 
var hexStr = arr.join(''); // получаем строку `1A17` 
var number = parseInt(hexStr, 16); // конвертируем строку в число 
console.log(number); // выводим в консоль результат