Как создать объект с помощью метода?

Создать экземпляр Collection можно с помощью оператора new.

Поэтому в простейшем случае код будет таким:

function Collection() {} 
 
Collection.from = function() { 
  return new Collection(); 
} 
 
console.log(Collection.from([1, 2, 3]) instanceof Collection);

Однако, в этом случае переданный параметр игнорируется, так как никак не используется в конструкторе.

function Collection() {
}

var letters = Collection.from([
{
    id: "1",
    username: "Naida",
    images: "images/basa_user/user1.jpg"
},
{
    id: "2",
    username: "Elijah",
    images: "images/basa_user/user2.jpg"
}
]);
letters instanceof Collection; 
*** Если правильно понял

Это?

function Collection() {} 
 
Collection.from = function(args){ 
  return new Collection(args); 
} 
 
var letters = Collection.from(['a', 'b', 'c']); 
 
console.info(letters instanceof Collection); // true

Можно поинтересоваться зачем?

function Collection() {
}
Collection.from = function (obj) {
  const copy = Object.assign({}, obj); // чтобы не изменять переданный объект
  Object.setPrototypeOf(copy, Collection.prototype)
  return copy;
}
var letters = Collection.from(['a', 'b', 'c']);
console.log(letters instanceof Collection); // true