Как выполнить js файл в npm script?

Здесь слово scripts ни как не связано с js, воспринимайте это скорее, как bash-скрипты. То есть npm run script-name просто вызовет вашу команду, которую вы указали, в консоль. В вашем случае, вы хотите запустить js файл без интерпретатора.

Что бы все завелось, вам нужен node.js, которые уже может запускать скрипты в своем окружении. Скачать тут https://nodejs.org

После того, как установили, поменяйте ваш package.json:

{
  ...
  "scripts": {
    "com": "node ./test.js",
  }
}
// в командной строке
npm run com