Как вывести всплывающее окно через определенное количество времени?

Чтобы понять, был пользователь на сайте или нет, можно создать куки – например, visit, и при первом же заходе присвоить ему значение true. Таким образом можно определить повторное открытие страницы.

Сделать проверку, был ли пользователь на сайте с помощью следующего условия:

if ( $.cookie('visit') == undefined ){

Когда пользователь впервые откроет страницу в текущей сессии его браузера, то присвоить ему куки visit со значением true:

$.cookie('visit', true);

И уже при повторном открытии страницы выполнить условие.

Открыть окно через определенное время:

setTimeout(function() { alert('Окно открыто'); }, 1000); //1000 – это время, равное одной секунде