Отправка данных через xhr.send(finalFiles); и их обработка в php

1. Со стороны клиента, файлы должны отправляться через объект FormData, это значит что файлы нужно преобразовать, например, вот так:

   var inputElem = document.getElementById('files');  
   var files = inputElem.files;  
   var data = new FormData();  
   Array.from(files).forEach(file => data.append(file.name, file));
   

Проверка наличия элементов в FormData осуществляется методом has (data.has(NAME)), а получение get (data.get(NAME)).

1.2 Отправка данных осуществляется через Content-Type : multipart/form-data (по умолчанию).

var async = true;
var xhr = new XMLHttpRequest();
xhr.open('POST', URL_NAME, async);
xhr.setRequestHeader("Content-Type", "multipart/form-data"); //этот header добавляется по умолчанию
xhr.send(files);

Пример.

var URL_NAME = 'http://zayavlenie.com.ua/mail-dev.php'; 
var async = true; 
 
var inputElem = document.getElementById('files'); 
var ip1 = document.getElementById('ip1'); 
var ip2 = document.getElementById('ip2'); 
 
var data = new FormData(); 
 
function collectFiles() { 
   var files = inputElem.files;   
   Array.from(files).forEach(file => data.append(file.name, file)); 
} 
 
function collectInputs() { 
   data.append('ip1', ip1.value); 
   data.append('ip2', ip2.value); 
} 
 
function send() { 
  var xhr = new XMLHttpRequest(); 
  xhr.open('POST', URL_NAME, async); 
  xhr.send(data); 
} 
 
 
function submit() { 
   collectFiles(); 
   collectInputs(); 
   send(); 
}

<div class="another-inputs"> 
  <input id="ip1" type="text"/> 
  <input id="ip2" type="text"/> 
</div> 
 
<div id="drop-zone"> 
  <p>Перетащите файлы сюда...</p> 
  <div id="clickHere">или нажмите здесь.. 
    <i class="fa fa-upload"></i> 
    <input type="file" name="file[]" id="files" multiple /> 
  </div> 
  <div id='filename'></div> 
   
  <button onClick="submit()">SEND</button> 
</div>

2. На сервере информацию о файле можно просмотреть в глобальном массиве $_FILES. C механизмом загрузки файлов методом POST можно ознакомиться тут. По сути все сводится к получению названия файла (basename), и его перемещению в существующею директорию (move_uploaded_file)

В Вашем случае файл mail-dev.php будет приблизительно такой.

$uploaddir = '/var/www/uploads/';
foreach ($_FILES as $key => $value) {
    $uploadfile = $uploaddir . basename(value['name']);
    move_uploaded_file(value['tmp_name'], $uploadfile);
    //... + обработка ошибок
}

Итак, что бы отправить файл нужно:
- собрать файлы из формы/инпута;
- преобразовать собранные файлы в объект FormData;
- отправить аякс multipart/form-data;
- на сервере (mail-dev.php) обработать файлы.