Почему не работает выборка?

У вас scrollers — это массив, чтобы обратиться к element нужно записать так: scrollers[0].element.mCustomScrollbar();

Ошибка говорит вам, что невозможно прочитать свойство element у undefined. Это потому что значение scrollers присваивается после обращения к scrollers.element. @Maxim Zasorin также прав, scrollers — это массив, чтобы обратиться к первому элементу нужно использовать индекс 0 scrollers[0].

var scrollers = [
    {
        element: $('body'),
        params:{
            scrollInertia:100,
            autoHideScrollbar: true
        },
        options:{
            type:'width',
            value: 1024
        }
    }
]
scrollers[0].element.mCustomScrollbar();