Проблема с отсчетом setInterval в Javascript

Потому что, если Вы хотите видеть "0" в течение интервала таймера (как все остальные числа), то Вам нужно, чтобы таймер сработал еще раз со значением i на входе в него -1. В этот момент output.innerHTML становится "-1", но еще не успевает отрисоваться. Потом i уменьшается еще на единицу i--;и становится -2. A output.innerHTML меняется на "Отсчёт завершен.".

Измени логику, будет легче понять код:

id = setInterval(function() {
  output.innerHTML = i;
  if (i < 0) {
    output.innerHTML = 'Отсчёт завершен.';
    clearInterval(id);
  }
  i--;
}, 300);