Промежуток времени в JavaScript

var d=new Date(); d.setSeconds() выдает что-то неадекватное.Судя по всему, она берет текущий день.

Да, всё верно, при создании Date без аргументов берётся текущее время. Для вашего случая нужно создать Date с параметром количества мсек, то есть что-то вроде:

var d = new Date(seconds * 1000);

Для более удобного преобразования даты можно использовать, например, moment.js.

Чтобы не отваливалась сортировка у FooTable, нужно указать data-sort-value у td равное количеству секунд.