Проверка 2 и более input на disabled

Логично проверять состояние тогда, когда оно может измениться. Когда в инпуте меняется значение, возникает событие oninput. В этом событии можно проверить текущее значение текущего инпута и если оно совпадает с "правильным", заблокировать его и проверить не заблокирован ли второй инпут.

Если у вас инпутов много, то можно присвоить им один класс, а потом при помощи метода document.querySelectorAll выбрать все нужные инпуты и проверить их состояние

function check(AInput, ACheckVal) { 
  if (AInput.value == ACheckVal) { 
    AInput.disabled = true; 
    checkOthers(); 
  } 
} 
 
function checkOthers() { 
  var inputs = document.querySelectorAll('.test'); 
  for (var i = 0; i < inputs.length; i++) { 
    if (!inputs[i].disabled) 
      return;  // Нашли незаблокированный. Выходим 
  } 
  // Если дошли сюда, то все заблокированы 
  console.log('All input disabled'); 
}

<input class="test" oninput="check(this, '1')"> 
<input class="test" oninput="check(this, '2')"> 
<input class="test" oninput="check(this, '3')"> 
<input class="test" oninput="check(this, '4')">

function check() { 
  if (input1.disabled == true && input2.disabled == true) { 
    alert(input1); 
    alert(input2); 
  } 
}

<input id="input1" value="" onkeyup="check()"> 
<input id="input2" value="" onkeyup="check()">

Попробуйте так

Разумеется, если эту строчку просто вставить в код, то выполнится она один раз.

input.disabled === true && input.disabled === true ? alert(1) : alert(2);

Вероятно, стоит производить проверку каждый раз после проверки одного из полей.

при верном значении input получает disabled

Исходя из вышесказанного я предполагаю, что проверка правильности введенного значения для каждого из полей у вас уже реализована. И, вероятно, производится она в какой-то функции x. Соответственно, вам нужно всего лишь добавить в эту функцию x проверку на то, что теперь оба поля правильно заполнены, и, если это так, выполнить результирующую функцию - в вашем случае вывести 1.