В чем отличие __proto от prototype?

На самом деле в примере в вопросе нет наследования.

__proto__ до недавнего времени не был стандартизирован.

В последних спецификациях можно найти, что getter __proto__, обертка над вызовом внутренней функции [[GetPrototypeOf]].

Точно такая же, как и функция Object.getPrototypeOf

Если применительно к приведенному коду:

в первом случае значение прототипа меняется каждый раз при создании объекта, во втором - устанавливается всего один раз.

Отсюда можно сделать вывод, что если есть доступ к конструктору, прототип лучше менять непосредственное у него.

Пример, когда приведенный код выдаст разные значения:

function Cat(type) { 
  this.__proto__.type = type; 
} 
 
var cat = new Cat('кот'); 
console.log(cat.type); // кот 
var cat2 = new Cat('кот2'); 
console.log(cat.type); // кот2 
console.log(cat2.type); // кот2 
 
 
function CatTwo() {} 
CatTwo.prototype.type = 'тоже кот'; 
 
var catTwo = new CatTwo(); 
console.log(catTwo.type); // тоже кот

Свойство __proto__

Абсолютно любой объект в JavaScript имеет свойство proto. Это скрытое системное свойство, и не во всех реализациях языка оно доступно пользователю.

При обращении к любому свойству объекта, оно в первую очередь ищется в самом объекте:

var obj = {ownProperty: 1};
console.log(obj.ownProperty);// 1

Но если его там нет, поиск происходит в свойстве proto:

obj.__proto__ = {propertyOfProto: 2};
console.log(obj.propertyOfProto);// 2

Если его нет и там, оно ищется дальше по цепочке:

obj.__proto__.__proto__ = {propertyOfProtosProto: 3};
console.log(obj.propertyOfProtosProto);// 3

Эта цепочка называется цепочкой прототипов (prototype chain).

proto любого значения (кроме null и undefined) ссылается на prototype соответствующего ему типу данных:

(0).__proto__ === Number.prototype
false.__proto__ === Boolean.prototype
"string".__proto__ === String.prototype
(new Date).__proto__ === Date.prototype
(function(){}/* new Function */).__proto__ === Function.prototype

Все типы данных наследуются от Object, это означает что:

Number.prototype.__proto__ === Object.prototype

И наконец, завершение цепочки:

Object.prototype.__proto__ === null

Свойство prototype

Это обычное свойство, ничем не отличающиеся от любых других свойств. За исключением двух особенностей:

1) Функции в JavaScript имеют свойство prototype. Оно по умолчанию является объектом с единственным свойством constructor, которое ссылается на саму функцию.

2) Свойство prototype используется при создании новых объектов оператором new.

Этот оператор делает следущее:

Создает пустой объект:

var instance = {};

Устанавливает proto этому объекту ссылкой на prototype функции-класса:

instance.__proto__ = FnClass.prototype;

Применяет функцию-класс к нашему новосозданному объекту:

constructorReturns = FnClass.apply(instance, arguments);

т.е. исполняет функцию FnClass, передавая ей instance в качестве this и аргументы в виде массива arguments.

Возвращает экземпляр функции-класса, но если FnClass нам вернул обьект, тогда его:

return constructorReturns instanceof Object ? constructorReturns : instance;

Функцией-классом я называю функцию, к которой впоследствии ожидается применение оператора new. Такие функции принято именовать с заглавной буквы.