Вывести массива в select

Можно обойти массив вложенным циклом

for (var key in metro) {
   for( var elem in metro[key]) {
    selLine.add(metro[key][elem]);
    }
}

Используем вложенный цикл

 let selLine = document.querySelector('#selectLine');
        const metro = {
            "red" : [
            'Академгородок', 'Житомирская', 'Святошин', 'Нивки',
            ],
            "blue" : [
            'ТЧ-2 «Оболонь»', 'Героев Днепра', 'Оболонь', 'Почайна',
            ],
            "green" : [
            'Сырец', 'Дорогожичи', 'Герцена', 'Лукьяновская',
            ]
        }
        function CustomOption(text, value, selected) {
            this.text = text || 'Choose one option';
            this.value = value || 'Choose one option';
            this.selected = selected || false;
        };
        let massVal = Object.values(metro);
        console.log(massVal);
        for( let i = 0; i < massVal.length; i++) {
            let newOption = new CustomOption(massVal[i], massVal[i]);
            for (let j = 0; j < massVal.length; j++) {
                selLine.add(new Option(massVal[i][j]));
            }
        }