Возврат аргумента как переменной

Разница в том что в первом случае var one = 0; у вас определена глобально (во внешнем коде). А значит доступна во всех функциях и во вне их.

А e у вас чисто локальная переменная, во вне она не объявлена, значит и недоступна во вне.
Во втором случае e это ссылка, даже если туда передать one то ссылка e будет указывать на one. И если она задаётся в промпт, то это просто ссылка e будет указывать на новое значение, а one при этом не затронется.

То есть в результате prompt создастся новый объект и ссылка e будет указывать на него, в то время как ссылка one из внешнего кода куда ссылалась туда и продолжила ссылаться, на старый объект.

Зато если вы туда передадите сложный объект, то уже внутри него замены произойдут

var one = {one:0}; 
function input(e){ 
  return e.one = prompt('Input one'); 
} 
 
input(one); 
console.log(one);