Защита JavaScript кода от атак

Вы можете пойти сразу двумя путями. Первый и простой, просто сделать uglify и минимизировать ваш исходный код. Это не особо подействует, но минимальных сложностей добавит.

Второе и единственное рабочее решение - важную игровую логику должен контролировать сервер. Нужно перенести часть функционала на серверную часть.

Не как, логику приложение должен обрабатывать сервер

Защита JavaScript кода от атак:

(function(w)
{
    //сюда вставляете ваш код
})(window);

Но это только полузащита. Хакер может переписывать обращения к серверу и его ответы, не используя браузер.