Изменение значения переменной php в javascript

Вы должны понимать, что PHP - это сервер, js - клиент. Сервер уже отдал данные в ответе, и процесс завершен. Все PHP-переменные уже в прошлом. Чтобы что-то сделать в PHP, Вам нужно создать еще один запрос. Без обновления страницы это AJAX.

UPD:

<button type="button" class="btn ..." data-link="http://link1.com"></button>
<button type="button" class="btn ..." data-link="http://link2.com"></button>
<script>
$('button').click(function(){ //при клике
    $.ajax({ //отправляем ajax-запрос
        type: "POST", //тип (POST, GET, PUT, etc)
        url: "/Your/Handler/Url/", //УРЛ Вашего обработчика
        data: { xmlUrl: $(this).attr('data-link') } //сами данные, передается POST[xmlUrl] со значением из data-link нажатой кнопки
    })
    .done(function( res ) { //при успехе (200 статус)
        $('#result').html(res) //заменяем блок с id="result" полученной строкой от сервера.
    });
});
</script>

В самом PHP скрипте по адресу /Your/Handler/Url/ формируете HTML для выдачи обратно клиенту. Вообще Вы можете формировать и JSON, и все, что хотите, что Вам удобнее будет обрабатывать на клиенте для выдачи. То, что Вы сформируете, придет в переменной res.