Count в значение таблицы mysql

Вариантов несколько.

1. Создать для таблицы table1 представление table1_view, в котором брать все поля table1 + вычислить поле "количество чего-то там" через select COUNT() from table2 ... можно подзапросом, а можно с помощью соединения таблиц и GROUP BY. В дальнейшем запросы из программы строить не к таблице а к view, можно будет сортировать по количеству и пр.
2. Создать триггеры на добавление и удаление (а возможно и обновление, зависит от логики) в table2, которые будут обновлять вычислимые поля в table1, если уж так необходимо его именно хранить.

Кстати, зачем его вам именно хранить совершенно непонятно, это к тому же нарушает 3-ю нормальный форму. Но если уж действительно нужно (много чего бывает странного нужно) - вкусите триггеры. Рекомендуется, разумеется, первый вариант.