Как лучше хранить данные в БД?

Если в общем, то верная логика. То, что будет 500 записей, если покупатель купил все 500 предметов, то этому можно только радоваться))) MySQL рассчитана на нагрузки в десятки и сотни миллионов строк на таблицу.

Другое дело, что на этапе проектирования желательно заранее предусмотреть тот факт, что у продукта может быть несколько артикулов. Лучше используйте SKU_ID для единицы товара (его используем также и в таблице заказов), а за вывод товарной карточки пусть отвечает PRODUCT_ID (который может иметь несколько SKU_ID). Это актуально для товаров с большим набором артикулов для одной и той же позиции (например, косметика - разные объемы, цветовые гаммы, одежда - разные размеры, цвета, электроника - разные цвета, комплектации).