Как сделать запрос к базе данных?

чтобы остались поля с id 3,4,5 9,10,11 а 12, 13 отсеялись

SELECT *
FROM table
WHERE product_id IN
    (
    SELECT product_id
    FROM table
    GROUP BY product_id
    HAVING 3 = SUM(value_option_id IN (1, 9, 17))
    )
/* WHERE value_option_id IN (1, 9, 17) */

Запрос предполагает, что (product_id, value_option_id) UNIQUE.

выбрать те product_id у которых value_option_id обязательно должны иметь в опциях и 9 и 17 и 1

SELECT product_id
FROM table
GROUP BY product_id
HAVING 3 = SUM(value_option_id IN (1, 9, 17))

select tabl.product_id as product id from tabl where tabl.value_option_id IN (1, 9, 17); 

Желателен индекс по полю value_option_id