mysql crc32(datetime)

у нас будет использоваться только половина данных т.е.

Неверно. Аргумент функции и её значение - вещи разные. При вычислении CRC используется весь аргумент, а не его часть.

Получается, что запросы [skipped] будут иметь различные результаты

Это верно. Разные аргументы могут иметь равные контрольные суммы.

crc32(col_datetime) будет неправильно отрабатывать

Это неверно. Если у Вас ошибка в логике, это не ошибка функции, а ошибка автора кода.

нам важно учитывать день, а время можно отбросить

Ну так и группируйте по дню

SELECT DATE(col_datetime) AS col_date, * 
FROM data_table 
GROUP BY DATE(col_datetime)