PK - быть или не быть? Вот в чем вопрос!

Первичный ключ в таблице обязан быть. Потому что если к записи в таблице невозможно обратится уникально то и работать с такой записью в одиночку невозможно. Кроме того в результате ошибок в программе могут появляться полностью одинаковые записи. НО нигде не говорится, что PK должен быть именно ID.

В таких таблицах, как ваша, отдельный id в качестве уникального ключа даже вреден, он не мешает создать две записи с одинаковыми article_id, tag_id. Поэтому в таких таблицах необходимо использовать составной первичный ключ из обоих колонок.

create table article_tags(
    article_id int not null,
    tag_id int not null,
    primary key (article_id, tag_id)
)