Цикл вывода стетей/новостей - в теле HTML или отдельно?

Надо разделять. Так как отображение - это одно, а логика - другое.

Если захотите поменять выборку, то менять HTML вам необязательно захочется. И наоборот, чтобы добавить что-то в разметку, не надо будет искать её в PHP коде.

Для углубления в эту тему посмотрите в сторону MVC, потом можно HMVC. Как это реализуется, в начале, можете и не смотреть, но зачем это делается глянуть стоит.