Вывод из mySQL timestamp в UNIX виде

Правильно я понимаю, что на самом деле содержимое просто так отображается, но хранится в формате UNIX?

Неправильно. Там своя структура хранения. Причем разная для DATETIME и TIMESTAMP

Как мне вывести его в UNIX?

Вам нужна функция UNIX_TIMESTAMP()

Либо как перевести 2012-09-25 12:31:13.0 в секунды?

Либо функция TO_SECONDS()

На php.

strtotime()

Ответ довольно прост

$time = strtotime('2012-09-25 12:31:13.0');

пример:http://sandbox.onlinephpfunctions.com/code/ac42f317ccd3569445ef4498823cb8e9aa306cab