cakephp mysql ->having

Укажите названия таблиц с маленькой буквы, т.к. в запросе у вас они с маленькой. Только в innerJoinWith должно быть с большой, т.к. туда передаётся название модели:

$ticket = $this->Tickets->find()
->innerJoinWith('Questions')
->group('tickets.id')
->having(['tickets.count_question' => 'COUNT(questions.id)']);

Если не поможет, попробуйте еще переписать join вот так:

$ticket = $this->Tickets->find()
->join([
    'questions' => [
        'table' => 'questions',
        'type' => 'inner',
        'conditions' => 'questions.id_ticket = tickets.id',
    ]
])
->group('tickets.id')
->having(['tickets.count_question' => 'COUNT(questions.id)']);