Class php для форматирования json

Если json уже представлен строкой

то можно

json_encode(json_decode($json, true), JSON_PRETTY_PRINT)

Если это массив то просто

json_encode($json, JSON_PRETTY_PRINT)

Ну а дальше пишем в файл и все будет красиво.

Можно перевести массив в JSON со всеми отступами с помощью константы JSON_PRETTY_PRINT

json_encode($array, JSON_PRETTY_PRINT)

Если на входе у вас уже JSON строка то перед этим переведите ее в массив.

json_encode(json_decode($string), JSON_PRETTY_PRINT)