Долго выгружаются данные в из HTML в PDF

Конкретно в вашем случае сложно сказать причину, но в зависимости от реализации скрипта и используемой файловой системы да, задержка из за большого количества файлов в папке возможна.

Именно чтобы избежать таких задержек и делают фрагментацию списка файлов по папкам. Как пример реализации, часто используемый, это класть файл в папку названную по первым двум буквам имени файла. В случае если имя файла представляет собой шестнадцатиричную строку и генерируется случайно, то будет создано ~256 папок, по которым файлы будут равномерно распределены. Как следствие "нагрузка" на отдельно взятую папку упадет в 256 раз. И поиск файла будет происходить быстрее.