Индексация header.php и footer.php

Зачем Вы собираетесь закрывать от индексации неотъемлемую часть всех страниц сайта? Да еще которая несет такую важную информацию. Закрывать надо системные файлы, в которых может храниться конфиденциальная информация и которая никак не поможет потенциальным посетителям при выборе в поисковике сайта для просмотра.

К тому же главное меню это для индекса точно лишним не будет. Да и кто знает, что Вы еще решите в хедер или футер запихнуть в будущем.