В header.php и footer.php, в основном, находятся лого и главное меню. 1) Закрывать их от индексации или не стоит? 2) Если к ним обратиться напрямую, то они выведут информацию. Оставить так или куда перенаправить?
Зачем Вы собираетесь закрывать от индексации неотъемлемую часть всех страниц сайта? Да еще которая несет такую важную информацию. Закрывать надо системные файлы, в которых может храниться конфиденциальная информация и которая никак не поможет потенциальным посетителям при выборе в поисковике сайта для просмотра.
К тому же главное меню это для индекса точно лишним не будет. Да и кто знает, что Вы еще решите в хедер или футер запихнуть в будущем.
Сборка персонального компьютера от Artline: умный выбор для современных пользователей