JS динамичное обновление PHP переменной

Вам нужно подучить матчасть. А именно, понять, чем на самом деле занимается php, а что происходит в браузере.

Как происходит загрузка страницы:

• Пользователь вводит адрес/нажимает на ссылку
• Браузер отправляет запрос на http-сервер
• http сервер понимает, что был запрошен php скрипт и отдаёт управление интерпретатору php.
• php выполняет скрипт, результатом является(в данном случае) html страница
• Сервер отдаёт сгенерированную страницу браузеру

Как видите, ни о каком обновлении php переменной речи быть не может - скрипт уже отработал и умер.

Если вам нужно динамически обновлять какой-то контент на странице, всё что у вас есть - javascript.
Вы можете получать данные от сервера с помощью технологии Ajax(или WebSocket) и обновлять данные в DOM.

Например:

создаёте отдельный скрипт, который возвращает нужное вам значение:

scripts/getUserData.php

<?php
  // Имитация изменений данных
  start_session();
  $_SESSION['countActivity'] = ($_SESSION['countActivity'] ?? 0) + 1;
  $count = $_SESSION['countActivity'];
  header('Content-type: application/json');
  echo json_encode(['countActivity' => $count]);

И запрашиваете его периодически с помощью ajax из javascript на странице:

  <div id="activityCount">0</div>
  <script>
    setInterval(() => 
      fetch('/scripts/getUserData.php')
        .then(res => res.json())
        .then(res => {
          document.getElementById('activityCount').innerText = res.countActivity;
        }),
        5000 // Каждые 5 секунд
    );
  </script>