json_encode в opencart

1: setOutput есть метод класса Response возлежащего по адресу `сайт/library/response.php.

Вообще почти всё что $this-> и не из текущего класса - из сайт/library/

2: Метод отвечает за передачу данных (что и куда):

Это определение файла представления карты товара в контроллере и передача "в него" массива $data с данными товара.
if (file_exists(DIR_TEMPLATE . $this->config->get('config_template') . '/template/product/product.tpl')) {
    $this->response->setOutput($this->load->view($this->config->get('config_template') . '/template/product/product.tpl', $data));
} else {
    $this->response->setOutput($this->load->view('default/template/product/product.tpl', $data));
}
Это окончание метода autocomplete(), который реагирует на ввод в инпуте символов и возвращает значения для подстановки.
$this->response->addHeader('Content-Type: application/json');
$this->response->setOutput(json_encode($json));

В первом случае он отрабатывает как маршрутизатор, обозначая какой файл представления выбрать для рендера вызванного роута и передачи в него данных. Во втором случае он работает как return метода(функции), отдавая данные в уже отрисованный файл представления.