json_encode возвращает объект вместо массива

Почему это происходит:

При удалении элемента (не являющегося последним) в ключах массива появляется "дырка". При этом, функция json_encode обрабатывает такой массив не как массив с целочисленными ключами, а как ассоциативный массив (которому ставится в соответствие объект JavaScript).

Что делать:

Для того, чтобы получить на выходе массив, нужно нормализовать его ключи, например с помощью функции array_values:

$a = [1, 2, 3];
unset($a[0]);
$a = array_values($a);
echo(json_encode($a)); // [2,3]

Дима, всё доступно объяснил, от себя только добавлю ещё 1 вариант удаления элемента из массива функцией array_splice.

Удаляет часть массива и заменяет её чем-нибудь ещё

$a = [1, 2, 3];
array_splice($a , 0, 1);
echo(json_encode($a));