Как использовать php-переменные в css-файлах?

Для контроля стилей из кода/админки сайта

Если вы хотите корректировать из кода скрипта/админки сайта стили элементов, то нужно записывать переменные не в файл CSS, а добавить на странице куда планируете выводить переменные блок и в него всё записывать:

<style>
body {
    color: <?= $color ?>;
}
</style>

В вашем примере - (php страница и css файл к ней), то, что вы запишите в <style></style> страницы будет приоритетнее стилей из файла css. Потому вам не нужно переносить все содержимое style.css. Запишите только нужные строки.

Ещё вариант - генерировать через php css файлы с нужными переменными и сохранять на сервер в виде style.css. Костыльный метод, не рекомендую.

Для удобной разработки

Если же ваша цель - удобно разрабатывать ресурс, и переменные требуются для того, чтобы упростить процесс - используйте SCSS/SASS. Это позволит поместить, например цвет в переменную и дальше использовать переменную в стилях элементов. Что в дальнейшем позволит автоматически изменять цвет в одном месте, а не во всех строчках где он используется.

Примеры: https://smartideal.net/kak-podklyuchit-scss/

Нюансы: http://tpverstak.ru/sass-scss/

SCSS/SASS поддерживается всеми современными IDE.

Документация к phpStorm: https://www.jetbrains.com/help/phpstorm/transpiling-sass-less-and-scss-to-css.html