Как массово изменить участки кода в файле?

По хорошему, конечно, надо парсить DOM (встроенные функции и классы для этого есть), но, если сильно припёрло и нет времени ждать, то скорее пиши регулярки!

Найти:

"#<spec\s+id=\"(\d+)\"><name>(.+?)</name><value>(.+?)</value></spec>#"

Заменить на:

"<spec id=\"$1\"><name$1>$2</name><value$1>$3</value></spec>"

Проверить можно прямо в консоли в одну строку:

php -r 'echo preg_replace("#<spec\s+id=\"(\d+)\"><name>(.+?)</name><value>(.+?)</value></spec>#", "<spec id=\"$1\"><name$1>$2</name><value$1>$3</value></spec>", "<spec id=\"1002\"><name>test</name><value>test</value></spec>") . PHP_EOL;'

Вернёт:

<spec id="1002"><name1002>test</name><value1002>test</value></spec>

Если файл не велик и полностью убирается в оперативную память, как вариант можно воспользоваться регулярными выражениями и функцией preg_replace_callback(). Прочитать содержимое файла можно при помощи file_get_contents(), а записать — file_put_contents().

<?php
// str = file_get_contents('specs.xml');
$str = <<<HERE
<specs>
<spec id="1002"><name>test</name><value>test</value></spec>
<spec id="999"><name>test</name><value>test</value></spec>
</specs>
HERE;
$pattern = '|<spec\s+id=["\'](\d+)["\']>\s*<name>(.*?)</name>\s*<value>(.*?)</value></spec>|i';
$str = preg_replace_callback(
  $pattern,
  function ($match) {
    return "<spec id=\"{$match[1]}\">" .
           "<name{$match[1]}>{$match[2]}</name{$match[1]}>" .
           "<value{$match[1]}>{$match[3]}</value{$match[1]}></spec>";
  },
  $str
);
echo '<pre>';
echo htmlspecialchars($str);
echo '</pre>';
// <specs>
// <spec id="1002"><name1002>test</name1002><value1002>test</value1002></spec>
// <spec id="999"><name999>test</name999><value999>test</value999></spec>
// </specs>
// file_put_contents('specs.xml', $str);