Как отловить проблему связанную с mysql?

В общем есть сайт на поддержке, и сайт каждый день +- в одно и тоже время сайт зависает и не отвечает на запросы в течении 6-10 минут. (график с сервиса host-tracker http://joxi.ru/brRZGx6U7bbQar). Причем через какое-то время эти зависания смещаются на какое-то количество часов и начинают каждый день повторяться в другое время.

Мы начали копать проблему и поняли что все сводится к Mysql. В это время когда начинает зависать сайт, load average вырастает до 45-50. И mysql начинает очень долго обрабатывать любые запросы которые на него приходят, если перезапустить mysql, то зависания сразу же прекращаются и нагрузка падает.

Проверили cron скрипты(отключали полностью в то время как происходит зависания) не помогает. Анализировали slow-query запросы которые пишет mysql, все они не создают нагрузки (менее 0.1сек) если их запускать в то время когда сервер работает. Смотрели оперативку, с ней все тоже в порядке, в swap не уходит.

В общем суть вопроса в том, как дальше анализировать проблему? Хотя бы понять в чем конкретно проблема.