Как получить файлы из корня сервера?

Используйте symlink и добавьте ссылку на папку внутрь области видимости. Поставить его можно таким образом:

ln -s /home/user/моя/папка/находится/тут /home/user/web/example.com/public_html/xxx/моя-папка

Если кратко:

ln -s /полный-путь-к-исходной-папке /полный-путь-к-папке-ссылке

По ssh можно такую же штуку будет сделать и на хостинге.

P.S.: Конфиг Apache для Virtual Host сайта, при котором этот вариант работает, у меня выглядит таким образом:

<VirtualHost *:80>
  DocumentRoot "/Users/myuser/www/sitefolder/wordpress"
  ServerName sitefolder.local
  <Directory "/Users/myuser/www/sitefolder/wordpress">
    Options -Indexes +FollowSymLinks -MultiViews
    AllowOverride All
    Order deny,allow
    allow from all
    Require all granted
  </Directory>
</VirtualHost>