Как правильно настроить PHPDoc?

Имеется проект на Yii1. PSR-4 не используется.
После генерации документации в шаблоне clean появляются ссылки на классы. Если в двух разных папках лежит класс с одинаковым именем, то в меню выведутся две ссылки, но они будут одинаковыми, соответственно, я могу посмотреть документацию только по одному классу.
Как заставить phpdoc генерировать уникальную ссылку для каждого класса?