Как сохранять файлы между приложениями?

Всего существует несколько вариантов решения подобного вопроса:

1. Худший. Синхронизировать папки: просто копировать файлы из одной папки в другое место. Очевидно худший вариант.
2. Получше. Использовать одну папку в принципе, как правильно сказал AlexMaxTm, правда это не всегда применимо.
3. Лучший. Создать символьную ссылку, как опять же правильно посоветовал AlexMaxTm при этом физически файлы могут находится хоть в /mnt/superSecureFlash/ ведь ничего не мешает создать больше двух или трех ссылок. Правда тут стоит помнить что apache и nginx могут запретить следовать по символьным ссылкам, но это надо смотреть на настройки, как минимум nginx по-умолчанию разрешает.