Как составить нестандартный delete запрос в yii2

Средствами ActiveRecord

YourModel::deleteAll(['user_id' => 6, 'module_id' => [20, 21, 31]]);

Либо средствами Connection

\Yii::$app->db->createCommand()
  ->delete('tbl_um_keys', ['user_id' => 6, 'module_id' => [20, 21, 31]])
  ->execute()

Как-то так похоже

  $records=tbl_um_keys::find()->where(['user_id'=>6])->andWhere(['in','module_id',[20,21,31]])->all();
  $records->delete();