Как создать такой массив программно?

Ну например так :)

$isDir = true;
$items = array();
for($i=0; $i<2; $i++)
{
    $item = array();
    $item['id'] = ($i+1);
    $item['is_dir'] = $isDir;
    $isDir = !$isDir;
    array_push($items , $item);
} 
$response = array();
$response['response'] = array();
$response['response']['count'] = 16;
$response['response']['items'] = $items;

    $response = json_encode([
        'response' => [
        'count' => 16,
        'items' => [
            [
                'id' => 1,
                'is_dir' => true
            ],
            [
                'id' => 2,
                'is_dir' => false
            ]
        ]
    ]
]);
print($response);