как сравнить пароль зашифрованный c помощью md5 с обычным

Как правильно написали в комментариях, md5 - не шифрование, а хэширование. И использовать MD5 для "защиты" паролей нельзя. Использовать надо специально предназначенные для этого функции, password_hash() и password_verify().

Это означает, в частности, что в запросе проверить валидность пароля нельзя, надо сначала достать его из БД, а потом проверить соответствующий функцией. Пример того, как это правильно сделать при использовании подготовленных выражений в PDO, можно посмотреть здесь

Нужно вычислить хеш от введенного пароля и сравнить хеши введенного пароля с сохраненным.

Скажем, так

SELECT
  id
FROM
  users
WHERE
  name = :name AND
  password_hash = MD5(:password);