Как удалить кеш файлы оставив файл .htaccess

можно сделать список файлов, которые не трогать удалялкой

$keep_files[] = dirname(__FILE__).'/.htaccess';

и делать проверку на соответствие

if ($handle = opendir('cache/')) {
while (false !== ($file = readdir($handle))) { 
if(!in_array($file, $keep_files)){
    if ($file != "." && $file != "..") { 
        unlink("cache/$file"); 
    } 
}
}
closedir($handle); 
} 

чтобы не перепутать пути, сначала сделайте print_r(), вместо unlink()