Как в foreach обратиться к массиву по ссылке?

foreach ($arr as &$inner) {
     $inner[...] = ...;
}

Можно использовать array_map(callback, array) для применения функнии calback ко всем элементам массива.

function mycallback($v)
{
    $v=strtoupper($v);
    return $v;
}
$a=array("Animal" => "horse", "Type" => "mammal");
array_map("mycallback", $a)

вернет

Array ( [Animal] => HORSE [Type] => MAMMAL ) 

Тут пример использования https://www.w3schools.com/php/func_array_map.asp

Если, по каким-то критериям, нужно удалить часть массива, можно использовать array_filter(array, callback)

function test_odd($var)
{
    return($var & 1);
}
$a1=array("a","b",2,3,4);
array_map($a1, "test_odd")

вернет

Array ( [3] => 3 ) 

https://www.w3schools.com/php/func_array_filter.asp