Как вычесть массивы?

Если под вычесть вы понимаете "удалить", то можно просто перебрать элементы первого, и проверить наличие ключей во втором.

$first = [52, 45, 58];
$second = [38=>47, 78=>68, 45=>85];
foreach($first as $f){
    unset($second[$f]);
}

второй вариант, взять расхождение массивов по ключам, первый массив для этого надо "перевернуть"

$first = array_flip($first);
$second = array_diff_key($second, $first);

и далее насколько фантазии хватит.