Как запретить доступ на просмотр файла php?

Правильно было бы вынести этот каталог за пределы корня сайта. Это самое надежное решение.

Чуть менее правильно было бы сделать это на стороне сервера. Например, в nginx это делается так:

location /include/ {
    internal;
}

Если так, как выше, сделать нельзя, то можно в файле с настройками или прямо в index.php определить функцию, которая ничего не делает. Затем в начале каждого файла в каталоге include вызывать эту функцию. Так как функция будет неизвестна если файл вызывается напрямую, то будет ошибка и выполнение остановится.

Пример функции из файла с настройками:

function internal() {}

Пример использования:

<?php
internal();
// дальше обычный код
// который не выполнится если функция выше не определена
// а определена она будет только если этот файл включается откуда-то

Если я правильно понял, нужно запретить прямой переход по ссылке, так?

Я это делал так:

Поскольку сайт был по модели mvc и всё грузилось из index.php, то в этом index.php я дефайнил переменную, например так - define("VALID_CALL", true), и если на странице эта переменная не isset (а установлена она может быть только в index.php), значит вызов был не из индекса - запрещаем дальнейшую загрузку страницы или выводим своё сообщение с ошибкой.