Можно ли подменить trait в тесте?

Наиболее простым решением будет унаследовать новый класс от исходного и подключить к нему тестовый трейт, который спрячет методы исходного трейта.

То есть если у нас есть исходный трейт и класс:

trait SrcTrait {
    public function check(){
        echo "src-trait";
    }
}
class Test {
    use SrcTrait;
}

а также тестовый трейт:

trait TestTrait {
    public function check(){
        echo "test-trait";
    }
}

то при проведении тестов мы создаем новый класс наследник и подключаем к нему тестовый трейт.

class Test2 extends Test {
    use TestTrait;
}
$x = new Test2();
$x->check();