Мониторинг выполнения скрипта

Самый простой метод, это использовать EXPLAIN при SELECT запросах, в результате вы получите информацию при данном запросе какие ресурсы используются и какое время уходит на выполнение.
EXPLAIN SELECT * FROM your_table
Можете почитать тут

Думаю у вас в основном могут быть проблемы с Index, проблемы с которыми очень часто встречаеться разработчики. Правильно используя ключи вы сможете получить прирост скорости, пример можете прочитать тут