Не хочет работать стандартный роутинг на index.php. В чём причина?

Options +FollowSymLinks
RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteRule ^ index.php [L]

RewriteBase /
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . index.php

В дополнению к ответу ниже - чтоб сделать корневой web:

1. В корень сайта файл htaccess:

   RewriteRule ^(.+)?$ /web/$1
   

2. В папку web файл htaccess:

   RewriteBase /
   RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
   RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
   RewriteRule . index.php
   

Проблема была в кофниге апача.

1. Проверяем включен ли mod_rewrite в апаче.

    apachectl -M (проверить есть ли в модулях rewrite_module)
    sudo a2enmod rewrite - включаем модуль 
    sudo systemctl restart apache2 - перезагружаем апач

2. В файле /etc/apache2/apache.conf важна строка AllowOverride All, она должна быть в таком виде, как это описано ниже.

    <Directory /var/www/>
        Options Indexes FollowSymLinks
        AllowOverride All
        Require all granted
    </Directory>

После этого все запросы действительно стали лететь к index.php

Первым делом нужно проверить включен ли mod_rewrite и то что вы заходите при запросе /web/ на индекс означает что директива DocumentRoot в настройках виртуального хоста не верно настроена (Вам нужно добавить в конце этого пути web что бы попадать сразу внутрь папки).

Или же если так и задумано что бы на web не ссылался DocumentRoot то Вам нужно сделать ещё один htaccess на одну директорию выше, положить рядом с папкой web и написать что то такое :

RewriteRule ^$ web/     [L]
RewriteRule (.*) web/$1 [L]

Если Вы поправили DocumentRoot то нужно :

RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/index\.php
RewriteRule .* index.php [L]