Не корректно работает imageColorAllocate()

$i = imageCreate(count($hAr), 360);
$color = imageColorAllocate($i, 255, 255, 255);
/*$c = imageColorAllocate($i, 0, 0, 0);*/
$nn = 0;
foreach ($hAr as $key => $hh) {
    $c = imageColorAllocate($i, $ar[$key][3], $ar[$key][4], $ar[$key][4]);
    imageSetPixel($i, $nn, $hh,   $c);
    imageSetPixel($i, $nn, $hh+1, $c);
    imageSetPixel($i, $nn, $hh-1, $c);
    $nn++;
}

foreach ($hAr as $key => $hh) {
    ...
    $c = imageColorAllocate($i, 255, 0, 0);
    ...
}

Причины возникновения проблемы

Прочитайте первый комментарий к этой функции на php.net: http://php.net/manual/ru/function.imagecolorallocate.php#94785

Note that you can only assign 255 colors to any image palette. If you try assigning more, imagecolorallocate() will fail.

Also, imagecolorallocate() will assign a new color EVERY time the function is called, even if the color already exists in the palette

У Вас в цикле выделяется 255 цветов на изображение, а затем (вероятно) функция перестаёт их выделять и начинает возвращать FALSE. При этом, как поясняется по вышеуказанной ссылке, неважно одинаковые цвета вы резервируете этой функцией или разные.

Решение для случая, когда количество цветов менее 256

Возможно, оно неидеально. Это просто идея для дальнейшей проработки:

function getColor($i, $r, $g, $b) {
    static $colors = [];
    $rgb = $r . $g . $b;
    if (!array_key_exists($rgb, $colors)) {
        $colors[$rgb] = imageColorAllocate($i, $r, $g, $b);
    }
    return $colors[$rgb];
}
$i = imageCreate(count($hAr), 360);
$color = imageColorAllocate($i, 255, 255, 255);
$nn = 0;
foreach ($hAr as $key => $hh) {
    $c = getColor($i, $ar[$key][3], $ar[$key][4], $ar[$key][4]);
    imageSetPixel($i, $nn, $hh,   $c);
    imageSetPixel($i, $nn, $hh+1, $c);
    imageSetPixel($i, $nn, $hh-1, $c);
    $nn++;
}

При этом следует понимать, что это решение не спасёт от выделения более 255 разных цветов на изображение. Оно спасает лишь от исчерпания лимита при повторном резервировании одинаковых цветов.

Решение для случая, когда цветов более 255

В этом случае для создания изображения вместо функции imagecreate() следует использовать функцию imagecreatetruecolor(): http://php.net/manual/ru/function.imagecreatetruecolor.php

Следует помнить, что функция imagecreatetruecolor() расходует больше памяти (в 2-3 раза больше) и меньше подходит для работы с GIF-изображениями.